Идеология метода замещающего онтогенеза основывается на теории А.Р. Лурия о трёх функциональных блоках мозга и учение Л.С. Цветковой о нейропсихологической реабилитации психических процессов.
В качестве основополагающего в МЗО выступает принцип соотнесения актуального статуса ребёнка с основными этапами формирования мозговой организации психических процессов и последующим ретроспективным воспроизведением тех участков его онтогенеза, которые по тем или иным причинам не были эффективно освоены.
Воздействие на сенсомоторный уровень с учётом общих закономерностей онтогенеза вызывает активизацию в развитии всех высших психических функций (ВПФ). Так как он является базовым для дальнейшего развития ВПФ, в начале коррекционного процесса предпочтение отдаётся двигательным методам, которые активизируют, восстанавливают и простраивают взаимодействия между различными уровнями и аспектами психической деятельности. Актуализация и закрепление любых телесных навыков предполагают востребованность извне таких психических функций, как, например: эмоции, восприятие, память, процессы саморегуляции и т.д. Следовательно, создаётся базовая предпосылка для полноценного участия этих процессов в овладении чтением, письмом, математическими знаниями.
Нейропсихологическая коррекция представляет собой трёхуровневую систему.
Каждый из уровней коррекции имеет свою специфическую «мишень» воздействия и направлен на все три блока мозга». (А.В. Семенович)
1-й уровень – «уровень стабилизации и активации энергетического потенциала организма». Методы 1-го уровня направлены, прежде всего, на функциональную активацию подкорковых образований головного мозга.
2-ой уровень – «уровень операционального обеспечения сенсомоторного взаимодействия с внешним миром». Методы 2-го уровня направлены на стабилизацию межполушарных взаимодействий и специализации левого и правого полушарий.
3-й уровень – «уровень произвольной саморегуляции и смыслообразующей функции психических процессов». Методы 3-го уровня направлены на формирование оптимального функционального статуса передних (префронтальных) отделов мозга.
В коррекционный процесс поэтапно включены упражнения 1-го, 2-го и 3-го уровней, однако удельный вес и время применения тех или иных методов варьируются в зависимости от исходного статуса ребёнка.
Соответственно применение методов разного уровня требует продуманной стратегии и тактики, основанной на результатах нейропсихологической диагностики.